W zbiorach Działu Archeologii, liczących ponad 7600 pozycji inwentarzowych znajdują się eksponaty z epoki kamienia, brązu i żelaza, z północnej części ziemi chełmińskiej oraz z obszaru ziemi świeckiej. Większość zabytków pochodzi z systematycznych badań działu prowadzonych w ramach następujących tematów: „Średniowieczne osadnictwo obronne północnej części ziemi chełmińskiej”, „Ugrupowania wczesnorolnicze północnej części ziemi chełmińskiej„, „Osadnictwo wczesnośredniowieczne w Basenie Grudziądzkim”, „Cmentarzysko z późnego okresu wpływów rzymskich i wczesnej fazy wędrówek ludów w Węgrowie”, „Przedlokacyjny Radzyń Chełmiński”. Muzeum posiada liczny zbiór ceramiki z neolitu (4500 - 1800 p. n. e.), zwłaszcza ugrupowań wczesnorolniczych, kultury ceramiki wstęgowej rytej i późnej ceramiki wstęgowej (z osad w Boguszewie, Cepna, Firlusa, Kornatowa, Stolna, Trzciana, Wielkich Radowisk, Grudziądza - Wielkiego Tarpna, Wichorza ). Do wyjątkowych eksponatów należy zaliczyć figurkę neolityczną z Łasina oraz misę na pustej nóżce z Ryńska.
Z materiałów z epoki brązu i żelaza (1800 l.p.n.e. do 150 l.p.n.e.) należy wymienić niewielki zbiór ozdób brązowych (szpile, bransolety) z grobów szkieletowych z wczesnej fazy kultury łużyckiej (1200 l.p.n.e.), z Grudziądza- Owczarek. Do ciekawszych zabytków kultury pomorskiej należy zaliczyć popielnice twarzowe z Rówienicy, Ernestowa, Gniewina oraz popielnice z grobów w Podwiesku, Rudy k. Radzynia Chełmińskiego, Starych Marz, Świecia- Marianek, Ernestowa, Błachty.
Z młodszego okresu przedrzymskiego oraz okresu wpływów rzymskich (od poł. II w. p.n.e. do pocz. V w. n.e.) w zbiorach muzeum znajduje się niewielki zbiór zabytków, głównie broni, naczyń importowanych z brązu, narzędzi z grobu kowala z cmentarzyska w Rządzu (obecnie Grudziądz- Rządz). Niewielkie kolekcje pochodzą z cmentarzysk w Chełmnie, Jaworzu, Parskach, Podwiesku, Wabczu. Znaczący jest zbiór wyrobów ceramicznych (naczyń) z osady w Wielkim Wełczu. Ważną kolekcję tworzą zabytki pochodzące z cmentarzyska w Węgrowie, z późnego okresu wpływów rzymskich i wczesnej fazy wędrówek ludów ( od poł. III w. do pocz. V w).
Muzeum posiada bogaty zespół materiałów wczesno- i późnośredniowiecznych z wiodącymi materiałami grobowymi z dwóch cmentarzysk w Grucznie (od. poł. XI do 2. poł. XIII w., drugie od 2. połowy XIII w. do końca XIV w.) ), wśród których na uwagę zasługują zespoły biżuterii szklanej, kabłączki skroniowe, pierścionki z brązu, wisiorki oraz importowane wyroby z Rusi Kijowskiej, głównie ze szkła (bransoleta, pierścień, zawieszka „ze znakiem Ruryka” ) i srebra (paciorki). Z wczesnego średniowiecza, na uwagę zasługuje bogaty zespół ceramiki grodowej z północnej części ziemi chełmińskiej (Jaguszewice, Mełno, Mędrzyce, Osieczek, Pokrzywno, Pokrzydowo, Rogóźno, Słupski Młyn, Świecie n. Osą, Szynwałd, Wieldządz o chronologii od poł. X do XII w. W grudziądzkim muzeum istnieją zespoły zabytków prezentujące późnośredniowieczne osadnictwo grodowe (XIV, pocz. XV w.): rycerskie ( Plemięta, Ryńsk); krzyżackie (Słupski Młyn, Gruta) oraz zbiory ceramiki z badań zespołów zamkowych (Grudziądz, Rogóźno, Pokrzywno, Nowe n. Wisłą).
Znaczący jest zbiór materiałów z badań ośrodków miejskich: Grudziądza i Radzynia Chełmińskiego (zespoły naczyń późnośredniowiecznych oraz nowożytnych, m.in. garnków, dzbanów, kafli garnkowatych i płaskich, talerzy).