W skład struktury organizacyjnej Muzeum wchodzą następujące działy:
1. Dział Archeologii
2. Dział Etnografii
3. Dział Historii z Gabinetem Numizmatycznym
4. Dział Sztuki
5. Dział Edukacji i Promocji
6. Dział Wojskowości
7. Oddział - Muzeum Handlu Wiślanego
8. Dział Gospodarczo - techniczny
9. Główny księgowy z Działem finansowym
oraz samodzielne stanowiska:
- samodzielne stanowisko ds. archiwum
- samodzielne stanowisko ds. dokumentacji muzealnej z biblioteką
- samodzielne stanowisko ds. personalnych i kancelaryjnych
Schemat organizacyjny Muzeum w wersji graficznej - dostępny w załączniku.