Dział Etnografii zajmuje się opracowaniem zbiorów z zakresu kultury materialnej, duchowej i społecznej z regionu Kujaw, Kociewia, Kaszub, które są kolekcjonowane i dokumentowane. Ponadto prowadzi bazę danych dotyczących twórców ludowych z regionu, przeprowadza badania terenowe. Zajmuje się także działalnością dydaktyczną, która przejawia się w prelekcjach, w zajęciach edukacyjnych, konsultacjach dla interesantów. Urządza wystawy czasowe, które obrazują zarówno kulturę rodzimą, jak i tą nieco odleglejszą. Organizuje imprezy m.in. kiermasze przedświąteczne, które nawiązują swoją tematyką do regionalnych tradycji.
Dział Etnografii obejmuje 1222 obiekty dokumentujące kulturę ludową Pomorza- głównie Kaszuby i Ziemię Chełmińską. Zawiera także interesujące zabytki z Huculszczyzny.
Kolekcja etnograficzna zapoczątkowana została przez zbiór obiektów z Nowej Gwinei, które zostały zakupione w 1899 roku od dr Bolumińskiego. W 1910 roku kolekcja poszerzyła się o zabytki z ziemi chełmińskiej oraz egzotyczne obiekty z Syrii i Gwinei.
W 1951 r. decyzją Ministerstwa Kultury i Sztuki cenne zbiory pozaeuropejskie zostały przekazane do Państwowego Muzeum Etnograficznego w Warszawie.
Według Zapisków Towarzystwa Naukowego w Toruniu z lat 1925 - 1935 dział etnografii powiększył się m.in. o ceramikę kaszubską z pracowni Necla w Chmielnie, sprzęty domowe, czepce (które zaginęły w czasie II wojny światowej).
7 lutego 1947 roku rodzina Gąsiorowskich z Grudziądza przekazała Muzeum kaszubską ceramikę i naczynia plecione z korzeni. Mjr Henryk Gąsiorowski natomiast sprzedał meble malowane z pracowni Gulgowskich. Muzeum zakupiło także ponad sto eksponatów pochodzących z Podkarpacia, wśród nich wyróżnić można: ceramikę, wyroby drewniane, skórzane, tkane, mosiężnicze, wykonane z rogu, strzelbę, instrumenty muzyczne, pisanki, palmę, biżuterię.
Z zakresu kultury materialnej ziemi chełmińskiej muzealia można podzielić na grupy związane z: łowiectwem, rybołówstwem, hodowlą zwierząt, bartnictwem i pszczelarstwem, rolnictwem, przygotowywaniem pożywienia, obróbką drewna, kory, włókna, rzemiosłem (kowalstwem, garncarstwem, stolarstwem, plecionkarstwem).
Sztuka ludowa to kilkanaście współczesnych rzeźb autorstwa Władysława Licy, Jana Gajdowskiego i Cezarego Kopika.